Giống như hầu hết hệ thống pháp luật Indonesia, Tòa án Tối cao cũng bị quá tải với nhu cầu về nguồn lực. Một quan sát viên đã lưu ý rằng "Tòa án Tối cao như bị chết đuối trong một trận lũ lụt gia tăng các vụ kiện mới mỗi năm".[17] Ví dụ, trong năm 2010, đã có hơn 22.000 trường hợp được đưa ra trước tòa, trong khi tòa án có thể quản lý dưới 14.000 vụ.[18] Một phần để đáp ứng với những áp lực giống như vậy, các đề xuất cải cách cách thức hoạt động của tòa án đã được xem xét trong một khoảng thời gian. Các đề xuất hiện tại (2011) chỉ ra rằng một cấu trúc phòng mới sẽ được giới thiệu để cố gắng cải thiện hoạt động của tòa án. Kế hoạch này nhằm giới thiệu một hệ thống gồm năm phòng có thể xử lý các vụ án hình sự, dân sự, tôn giáo, hành chính và quân sự. Tuy nhiên, những thay đổi này đang gây tranh cãi nên cần phải có những cải cách sâu hơn trong thời gian tới.[17]

Ngân sách dành cho Tòa án Tối cao được phân bổ từ ngân sách quốc gia năm 2010 là khoảng 6.000 tỷ Rp (khoảng 700 triệu USD theo tỷ giá hiện hành).[19]

Một vấn đề đáng lưu ý đối với hệ thống pháp luật của Indonesia nói chung (mặc dù ít hơn ở Tòa án Tối cao) là hầu hết các thẩm phán Indonesia tại các tòa án cấp thấp đều bị trả lương thấp. Mức lương cơ bản chính thức của một thẩm phán, ngoài một số khoản phụ cấp bổ sung, thường thấp hơn 300 USD mỗi tháng. Do đó, một số thẩm phán bị cám dỗ chấp nhận tiền hối lộ trong quá trình thực hiện nhiệm vụ.[20] Mức lương thấp trả cho các thẩm phán đã được một nguồn gây nhiều chú ý ở Indonesia gần đây cùng với các thẩm phán kêu gọi chính phủ và nghị viện giải quyết vấn đề,[21] và thậm chí đe dọa sẽ đình công về vấn đề này.[22] Sự thi hành yếu kém và những khó khăn ở các tòa án cấp thấp dẫn đến những vấn đề cho Tòa án Tối cao trong nỗ lực thiết lập các tiêu chuẩn pháp lý trên toàn quốc. Những vấn đề này nhận được sự quan tâm đáng kể ở Indonesia và có nhiều thảo luận công khai về những cách tốt nhất để thúc đẩy cải cách.[23]

Đôi khi, có những lời chỉ trích về cách mà tòa án tự quản lý. Ví dụ, vào tháng 5 năm 2014, các thẩm phán của Tòa án Tối cao đã đồng ý với việc sử dụng ngân sách tòa án để thuê một chiếc máy bay phản lực đặc biệt để đưa hơn 180 thẩm phán tới khu nghỉ dưỡng lặn Wakatobi ở Đông Nam Sulawesi. Những người tham gia trong chuyến nghỉ dưỡng đã ở trong các khách sạn khác nhau và dùng công tác phí của tòa. Các nhóm quan sát tư pháp và những người khác chỉ trích tòa án mặc dù các quan chức tòa án vẫn bảo vệ sự sắp xếp ấy.[24]